Özel entegratör, Gelir İdaresi Başkanlığı tarafından yetkilendirilen ve mükellefin adına e-Fatura, e-Defter, e-Arşiv Fatura, e-İrsaliye gibi elektronik kayıtları oluşturmaya yetkili aracı kurumlardır.

Elektronik kayıtların özel entegratör aracılığıyla oluşturulabileceği gibi Gelir İdaresi Başkanlığı'nın sunduğu diğer 2 seçenek olan entegrasyon ya da GIB portalı aracılığıyla da oluşturulabilmektedir; ancak diğer 2 yöntemin avantajları olabileceği gibi dezavantajları da bulunmaktadır. Entegrasyon yönteminde bilgi işlem sistemi ve sunucu yönetimi ile veri arşivleme maliyeti, mevzuat ve teknik kılavuzlardaki güncelleme takibi ve bunların sisteme uygulanmasını mükellef kendisi yönetmek zorundadır. GIB portalının ise mükellefe sunduğu bir maliyet olmamasına rağmen, kullanılabilecek fonksiyonların sınırlı, arşivlemenin manuel, aylık yüklenebilecek e-Fatura adedinin 500 olması, ihracat fatura gibi bazı veri tipleri girişlerine destek verilmemesi gibi kısıtların olması sebebiyle yüksek sayıda fatura kesen firmaların kullanması için uygun görülmemektedir.

Özel entegratör olabilmek için; Gelir İdaresi Başkanlığının uyguladığı testlerden geçmek; Bilgi güvenliği, İş sürekliliği ve Bilgi Teknolojileri Hizmet Yönetimi Sistemi sertifikalarından en az birine sahip olmak ve sahip olunmayanlar için ne zaman temin edileceğini taahhüt etmek ve taahhütü gerçekleştirmek; en az bir tane ITIL sertifikalı personel çalıştırmak; TÜBİTAK-BİLGEM Kamu Sertifikasyon merkezinden mali mühür sertifikası imzalama süreçleri ile ilgili uyum değerlendirme raporunu almak gerekmektedir. Gelir İdaresi Başkanlığının değerlendirmesinden sonra uygun görülen kurumlar özel entegratör olarak http://www.efatura.gov.tr adresinde yayınlanmaktadır.

Özel entegratör mükellef adına:

• Elektronik kayıtları Gelir İdare Başkanlığının belirlediği ve yayınladığı teknik kılavuzlara göre oluşturur, gönderir ve takibini yapar.
• e-Fatura, e-Arşiv Fatura ve e-İrsaliye'de mükellefin mali mührüne gerek olmadan kendi mali mührü ya da yüksek hızda imzalama gücüne sahip HSM cihazına sahipse bu cihazla elektronik kayıtları imzalar.
• Sistemlerin 7/24 erişilebilir ve çalışıyor olmasını taahhüt eder.
• Mükellefe sunduğu web portalında elektronik kayıtlara ulaşabilmeyi sağlar.
• Bilgi işlem sistem maliyeti, sunucu ve veritabanı maliyeti özel entegratör firmaya aittir.
• Mevzuat veya teknik kılavuzlarda bir güncelleme olduğunda bunu mükellef adına takip eder, bilgilendirmeyi yapar ve güncellemeleri sisteminde uygular.
• Saklama hizmeti veren özel entegratörler taahhüt edilen sürede elektronik kayıtları saklar.
• Felaket Kurtarma Merkezi olan özel entegratörler mükellefin verisini yedekler, böylece felaket anında veri kaybı engellenmiş olur.
• Özel entegratörlerin sunduğu sistemlerle ERP uygulamaları otomatik veri alış verişi yapabilir.

Ancak;

• Özel entegratör mükellefin elektronik kayıtlarının içini (e-Fatura, e-Defter, e-İrsaliye vb.) göremez.
• Mükellef adına GIB'e e-Fatura, e-Defter, e-İrsaliye vb. başvurusunda bulunamaz.
• Gelir İdaresi Başkanlığı'nın özel entegratöre verdiği sorumluluklar dışında ek bir sorumluluk yüklenmez.

Özel entegratör aracılığıyla sistemi kullanmaya başlamak için yapılacak işlem çok basittir. e-Fatura, e-Arşiv Fatura ve e-İrsaliye'de özel entegratörle bir kereye mahsus olmak üzere mali mühür kullanarak aktivasyon formunun imzalanması; e-Defter'de ise Gelir İdaresi Başkanlığına yapılan online başvuruda ilgili entegratörün adının seçilmesi gerekmektedir.